如何用ImageJ进行细胞计数?

原标题:如何用ImageJ进行细胞计数?

在上篇文章《荧光显微镜照片的merge方法》中已经介绍了如何ImageJ来merge荧光照片,同时,也在论坛上传了windows、mac系统对应的软件包(网址:http://www.omicshare.com/forum/thread-2783-1-1.html)。

今天,我们看下如何用ImageJ来为图片上的粒子(Particles)计数,这里的粒子可以是细胞、孢子、菌落、病斑等。学会了这种方法就基本上不用趴在显微镜上数了~

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图像模式改变

首先,通过FileOpen打开需要计数的图片,然后在ImageType8-bit(如下图)将图片的色彩模式改为8位的灰度图,即从黑到白有256(0~255,28)种灰色的黑白图片。

经过转化,将具有大量色彩信息的图片简化为只有明度信息的灰度图,这是第一次“降维”,转化模式后的图片如下图。

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转化为双色图

在转化成双色图之前,可通过ImageAdujustBrightness/Contrast稍微给图片增加些对比度,这里不手动调了,点Auto即可,调节后的图片效果如下图。

接下来通过EditInvert将图片反相,即黑白反转。当然,这一步很重要,(同上一步)但并非必需(本身是白底或浅色背景的图片不需反相),在计数前任何一步都可进行。目的是将计数的”粒子“变为黑色,背景变为白底,效果如下图。

调整对比度可以减少图片的灰色偏向黑白,但软件需要只有两种颜色(白和黑)才能区分“背景”和“粒子”。因此需要将对比度拉到极限,这里通过ImageAdjustThreshold,用阈值算法将图片颜色合并为两种来达到此目的。

调节Threshold窗口两个滑块,可改变左侧红色线框的位置大小。而红色线框的大小范围,决定着图中“粒子“的大小范围,对应的这些像素要转变为黑色。这里只需调节到粒子能与背景很好区分即可。

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计数

通过AnalyseAnalyze Particales进入分析粒子窗口,设置“粒子“的最小Size(这里设为50),Show中选择Outlines,以外轮廓的形式显示“粒子”并为粒子编号;勾选Summarize,点击OK,即完成计数过程。

计数的结果显示在Summary窗口中,如下图,共统计到有207个“粒子”,“粒子”的平均面积(average size)为99.44 pixel2。这里的单位是像素,如果图片有标尺或血球计数板格子,可按比例转换成实际的大小、浓度。

小结

从上文可的步骤以看出,我们做的主要工作是将灰度图片转化成只有黑(粒子)和白(背景)两种颜色信息,这需要将254种灰色像通过阈值划分为粒子和背景,粒子的判断仍需靠人眼。

你可能会问,在计数的时候,粒子的Size怎么设为50?50是怎么来的?

这里的Size是用来排除比粒子小的杂质的,这里有个小技巧,就是先做“预计算”:将size设为1,计算得到的average size数值。将这个数值设为Size的值,基本上可去除杂质。如果图片中有多种类型的细胞,也可以用Plugins菜单下Analyse中的Cell Counter(multi-Point tool)进行手动计数。用不同的counter标记不同类型的细胞,然后Ctrl+M,即可对不同类型的细胞计数。嗯,很简单,这里就不做示范了。

想下载今天就分享到这里了,如果觉得还有点用就分享到朋友圈吧~返回搜狐,查看更多

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