2014年8月5日上午，日本著名科学家笹井芳树（Yoshiki Sasai）在研究所附近悬梁自尽，时年52岁。
日本顶尖科研机构——理化研究所——下设的发育生物学中心，为发育生物学的重镇。主任竹市雅俊以发现钙依赖的细胞粘结分子（cadherins）闻名于世，副主任笹井芳树年富力强。理化研究所所长、诺贝尔化学奖得主野依良治称为笹井芳树的去世感到震惊和悲哀：全球失去了一位无价的研究者。
笹井芳树于1986年毕业于产出多位日本本土诺贝尔奖得主的京都大学。他在短暂行医后回京都大学念研究生，于1993年获博士学位，旋即赴美国加州大学洛杉矶分校（UCLA）做博士后研究员，1996年回京都大学医学院任副教授，1998年仅36岁成为京都大学正教授，2000年兼理化研究所发育生物学中心的课题组长，2003年全职任发育生物学中心的“器官发育和神经发生”实验室主任，2013年任发育生物学中心副主任。
他在UCLA随阿根廷裔美国科学家德罗波涕斯（Eddy De Robertis）做博士后期间，于1994年从蛙胚的背唇发现调节发育的重要分子chordin。这是继1992年加州大学伯克利分校英籍美国科学家哈兰德（Richard Harland）教授实验室之后发现的第二个背唇分泌的蛋白质，在分子层面推动理解1924年德国科学家主斯佩曼及其研究生曼葛德提出的背唇之组织者作用。1936年斯佩曼因此获诺贝尔奖，其后几十年分子基础一直不清楚。
笹井芳树回日本执掌独立实验室后，继续发育生物学研究，特别令人瞩目的是2011年发现可以在体外培养产生眼睛的前体结构。
据推测，笹井芳树之死与卷入今年年初的学术不端有关。
笹井芳树实验室近年也研究干细胞。与研究者人数不多但有严谨传统的发育生物学不同，干细胞领域研究者人数很多，其中有非常优秀的科学家，但也混杂了一些训练不全、热情有余而严谨欠缺的研究人员，这样现象存在于包括美国和日本等世界多个国家。在这一点上，中国也不例外。出现这种现象是因为干细胞研究不仅有再生修复的诱人应用前景，而且研究干细胞对研究者的在科学和技术的起步要求比较低，门槛低造成鱼龙混杂。
成立于1917年的理化研究所，有三千科学家，分布于7个园区，由政府资助但相当独立运行，年度经费约7.6亿美元。
2014年1月30日，英国《自然》杂志发表地址为美国哈佛大学医学院附属医院和日本理化研究所发育生物学中心“细胞重编程”实验室的小保方晴子领衔的两篇论文，她号称发现用很简单的方法—改变酸碱度-就可以使体细胞变成干细胞，立即引起科学界和媒体同时轰动。
但过后很快人们提出有疑问。面对质疑，日本理化研究所不是捂盖子，而是展开调查，严格追查责任。调查完成后，不仅小保方晴子道歉，而且撤销论文，其他人按责任程度也道歉。
这两篇文章都是小保方晴子做的实验，其他人参与设计实验和修改文章。目前科学界一般认为对论文负有主要责任的作者是：第一作者和通信作者。被撤稿的两篇文章其第一作者都是小保方晴子。第一篇的通讯作者两人：小保方晴子和哈佛的Charles Vacanti，第二篇的通讯作者是三人：地址为美国哈佛和日本发育生物学中心“细胞重编程”实验室的小保方晴子、发育生物学中心“细胞重编程”实验室的若山照彦（Teruhito Wakayama）、发育生物学中心“器官发育和神经发生”实验室的笹井芳树。文章署名中笹井芳树并非最突出，严格比较起来，同在“细胞重编程”实验室的若山照彦与小保方晴子的关系比笹井芳树更近。
以前的惯例这种情况肇事者是小保方晴子，而笹井芳树道歉就可以。比如美国现任国家健康研究院院长柯林斯，多年前在密西根大学任教期间，其主持的实验室出现学生造假的论文，学生是第一作者，教授是通讯作者，发现问题后学生受到处罚，而教授只是发信给同行道歉，此后还升任研究所所长直至院长。这种不直接肇事者可以责任较轻是国际惯例，此次理化所的学术不端也已经处理了，所以笹井芳树不一定还要还有压力。但《华尔街日报》披露今年四月笹井芳树致该报的电子邮件中描述自己深感羞耻。而8月5日理化研究所官员称笹井芳树近来身心疲惫。这种“有耻”导致悲剧，令人唏嘘不已。
消息传到中国，引起更多人感慨。因为令人遗憾的现状是：我国不仅学术不端多于日本，而且一般出现问题时从个人到单位常常不仅不配合调查，而且千方百计逃避责任，甚至打压调查者。不久前中国工程院这样的荣誉机构，在其院士被记者调查时，发函给报社压制调查，而不是说让事实说话，以公证的调查结果，或真正澄清学者的名声、或对确实舞弊之徒给予适当处罚。人们认为，有耻辱感的文化作为社会基础，才能改进我国科技教育界目前的不良之风。
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