自然杂志8月5日发表声明说笹井芳树是在干细胞和再生生物学领域具有先驱性业绩的非凡的学者，他的去世对科学社会是一个巨大的损失。另外，自然杂志中的科学版块也以《科学家的死对日本的冲击》为题一一介绍了他的非凡业绩。
另外，产经新闻披露了笹井芳树的五封遗书中有一封是给小保方的部分内容，其中写道：（我的死）与你没有关系，请一定将STAP细胞再现出来。这也体现出了笹井芳树的洁身自好和勇于担责的高贵品质。
有报道认为可能是因为验证结果不好才酿成自杀悲剧，但身边的人否定了这一说法，说这些日子他深陷自责中，独居一处，没有任何信息交换，可能是单纯的悲观产生的抑郁导致了自杀。