近年来，科研经费使用管理方面暴露出不少问题。一方面，社会各界高度关注“科研腐败”，财政、审计与科研主管部门不断严格科研经费管理；另一方面，广大科研人员也“鸣冤叫屈”，指出经费管理规定不科学、不合理，呼吁保证研究人员收入，不要把科研人员“当贼防”。造成这一矛盾对立的原因是多方面的，但问题的关键并不在科研经费本身，而是科研人员薪酬制度。
科研经费管理本身很简单，却因为承担了薪酬职能而纠结复杂
1.西方国家科研经费管理比我们更严格
严格规范管理科研（项目）经费是西方科研强国的通行做法。对于预算支出的合理性、发生费用的真实性等，欧美科研机构都有比我们更严格的规定和审核流程。直接拿科研（项目）经费发给研究人员，在大多数管理规范的国家，都是不被允许的，拿虚假票据、不实人员信息（劳务、专家咨询等）冒领科研经费，不论经费来源，更属于刑事犯罪。
由于西方国家科研人员薪酬水平比较合理，所以科研经费从严管理并未受到诟病，也得到较严格的执行。另外，西方科研机构项目收入作为主要收入来源，与薪酬支出之间是相通的，不存在我国人员工资、项目经费来源与支出都属于不同科目的“两张皮”现象，所以在预算编列时即充分考虑了支出，体现了“量出为入”。
以美国科研机构项目预算为例，一般先根据所需研究人员按天数计算的工资、差旅、会议、设备、耗材等必要开支，加上额外开销和杂费，即构成整个项目预算。
如某项目需要5位研究人员，约200个工作日完成，其中主要研究人员当前年薪标准是9.2万美元，则日薪400美元（按230工作日算），另外4位研究者日工资150美元/人，则该项目人员费用需要20万美元，再加上其他开支及杂费，即构成整个研究项目预算。
需要指出的是：第一，项目中的人员费用并不能直接支付给研究人员，而是体现在薪酬中（一般为年薪）。第二，薪酬也并非研究人员参与所有项目的人员费用简单加总，还会根据专业技术职级、全时工作时间等因素综合考虑计算，譬如全年参与所有项目的工作时间不能超过全年的工作日时间总和，否则可能视为预算不实不准。第三，薪酬标准相对固定，与项目经费多少没有关系。
不少研究人员依据西方科研预算中有较大比例的人员费用，提出按比例在科研经费里为研究人员直接支取课题费，其实是一种误解。
如果科研项目都按比例直接提取经费发给研究人员（甚至有人希望除必要支出外，剩余经费都属于课题组成员），那么研究人员的收入高低将不取决于其能力水平、实际付出与工作成效，而主要决定于承接和参与项目的经费额度大小，这显然是不合理和不公平的。所以必须明确一个观念：研究人员的智力付出是科研项目的必要与重要成本，但智力补偿应通过合理薪酬来体现，不能通过科研经费直接提现。
2.当前“科研腐败”是特殊时期形成的历史遗留问题，根子在薪酬制度
我国绝大多数科研机构曾经都是吃财政饭的“国家单位”，计划经济时期没有人才竞争压力，科研人员作为国家公职人员薪酬也有比较优势，没有额外“课题费”的问题。
经历了“搞原子弹的不如卖茶叶蛋的”和全面搞活等特殊时期，政府部门、科研院所，甚至军队都到市场上找饭吃。很多研究机构由于经费紧张，也把研究人员推向市场。研究人员承接委托项目，提交单位一定管理费用和资金外，剩余经费自己支配，作为当时一种普遍的商业行为模式，也被全社会所默许。
上世纪90年代末，部分科研院所转制改革，少数成为企业，大多保留事业单位，不过社会科学领域研究机构基本还是政府部门或事业单位。1998年的“三定”方案里，也多保留了承接社会委托、提供有偿研究服务的职能，维持着靠项目养人和发展的现实局面。
各项目提交单位一定额度的管理费用，其余由课题组自己支配，其中很大一部分又作为研究人员的智力补偿，承担竞争性薪酬职能，这种做法逐步形成惯例，并成为有效的激励手段。
因此，对于科研领域习以为常的支取课题费补偿研究人员自身的问题，要客观理性看待，不能简单视为“科研腐败”，否定绝大多数科研人员。要解决这一问题，必须改革现行科研人员薪酬制度，“堵后门”与“开前门”同时进行。
科研人员薪酬应该是按技能付酬、按劳付酬和按绩效付酬的结合
科研工作专业性强，其薪酬设计也必须考虑职业特征和规律，做到三结合，即：研究人员薪酬=职务工资（按岗位和技能付酬）+科研基本业务收入（按劳/工作量付酬）+科研奖励收入（按绩效付酬）
其中：职务工资主要是为岗位付酬和为技能付酬，是对不同职级研究人员所反映的资历学识、专业水平、能力素养的尊重；科研基本业务收入是对研究人员智力付出强度和数量程度的付酬，即对研究人员一定时期参与科研项目数量、担任角色、付出精力等因素综合计量；科研奖励收入主要反映研究人员工作的质量水平，是对研究工作绩效付酬。
按技能付酬、按劳付酬和按绩效付酬相结合确定科研人员薪酬，主要有两个优势：一是符合科研工作规律；二是体现正向激励，即多劳者多得、高水平者高收入。
与西方大多数科研机构属于企业、公益性机构、社团不同，我国公立科研机构还占据主导地位，经费很大部分来自财政投入，人员也多是事业编制，有些政府研究机构还按公务员管理。行政事业单位工资制度必然难以符合科研工作要求，必须进一步深化科研机构改革。
第一，加快科研机构转制，实行市场化薪酬。对大量已经充分参与市场竞争的国家科研机构，可改掉事业单位身份，进一步实现经费来源多元，实行市场竞争性薪酬，通过竞争提高效率。
对一些部分公益性的科研机构，譬如具有某个行业共性技术平台特征的研究单位，亦可考虑由国家主办变为社会团体或由行业协会兴办。转制后需要政府投入的基础性研发等，可以通过政府购买服务的方式，予以定向资助。
第二，保留公益类事业单位的，实行真正的绩效工资。实行前文所述“三结合”的科研人员薪酬制度，虽然工资支出会上涨，但一方面理顺了关系，更加公平合理，另一方面科研（项目）经费据实开支使用，减少了天量资金滥用与浪费，还使广大科研人员不必继续游走在灰色地带。
第三，少量直接服务政府决策的核心研究机构，需要保留体制内身份的，实行专业技术类公务员管理，同时也要突破绩效工资的限制，保证高水平的研究队伍和高质量的研究服务。