丁香园教你如何检索得到核心文献?

2015-01-15 16:07 来源:丁香园论坛 作者:endosome
字体大小
- | +

科技文献浩如烟海,如何从海量的文献里面,找到核心文献,是每个Researcher都面对的问题。

核心文献,或者参考价值高的文章,不在于作者是什么级别的(有些大牛也在NATURE/PNAS等杂志上灌水),不在于文章发表于什么等级的期刊(CNS上的文章不都是精华),更不在于杂志的影响因子多高。最核心的原则只有一个,就是单位时间内,被全球其他学者引用的次数。

那么怎样获得一篇文章的被引用次数?主要的工具有三个,Google scholar (免费)、ISI WOS (收费)和Scopus(收费)。
既然google scholar是免费的,那么就说说它。

利用google的检索语法(网上可搜索),设置最合理的检索词后,展开结果。例如使用“mucosal vaccine”进行检索,得到204,000项结果。每个检索结果下面有“被应用次数 (cited by)”一项。一般说来,被引用超过100次的,当属质量上乘的文献了(当然如果碰见黄禹锡那样情况就当属意外了)。


免费的当然不错,但是也有不足的地方。第一是不能按照被引次数排序;第二是,不能看出引用的文献来自综述还是来自Research Paper。被综述文章所引用的意义不大,尤其是被引用于这样的地方“xxxx has been reported (Ref: 77-85,87)”。

为了弥补这个缺陷,需要结合ISI Web of Science (WOS)进行分析。在WOS里面,可以按照引用次数进行排序,并且可以限定特定时间内,这样就可以看到该文章在单位时间内被引用的次数;而且,WOS内还可以设定过滤,把引用文献限定在“Research Paper”,而不是Review里面。Scoups的功能和WOS有些重复,在此不再赘述。



那么,一篇文章在Review里面被引用,这样的引用是否没有含金量呢?也不绝对。如果某文章被Bentham的”Current”系列综述所引用 ( http://benthamscience.com ),当然多数没有多大含金量;但是如果在Nature Reviews系列和Trends系列被引用,并且在参考文献里面,被黑体标出,那么这样的文章基本都是keynote papers,是值得阅读的(这其中的区别不在于两个杂志档次不一样,而在于稿件来源不同)。


除了被引次数外,另外一个可以参考的指标,是BioMed Central所出版的新型线上研究辅助工具Faculty of 1000 Biology和Faculty of 1000 Medicine。

Faculty of 1000是新世纪洞悉海量文献的工具,经由5000多位专家学者的建议,提供目前世界上最重要的生物学论文及研究趋势。特色是收录每篇具有科学价值的文献,而不考虑这些文献在哪里发表;每篇文章都包含专家所给的评论,并评定文章的类別。

它的主要特色:提供科学家不断更新的会员指南,获得特定研究领域中重要的论文信息;重要论文的评价依据是以其科学成就而非在哪些期刊发表;提供研究者超过5500 名顶尖科学家的一致推荐;有系统地组织并评价大量的科学论文信息。在Pubmed里面可以设置过滤条件,从而可以看到哪些文章被F1000所点评。应该说,被选入加以点评的,多是精品文献。

我个人使用这个服务已经好几年了,初始选入的文章质量以及点评本身,都是可圈可点的。但是近两年感觉质量有下降趋势,“互粉”的点评好像多了起来。即便如此,仍然具有一定的参考价值。


许多朋友过分依赖影响因子挑选文章,这种习惯不是太好。即便是CNS这些顶级杂志文章上的结果,也经常发生不能重复的情形 ([http://blog.sciencenet.cn/blog-265205-523023.html])。所以文章的质量,和影响因子没有绝对关系。

很多学生物的都知道上海生科院的Cell Research 杂志已经晋身细胞生物学的顶级杂志之一,但是对于许多常年从事细胞生物学的科学家来说,Cell Research的声望并不及老牌的Journal of Cell Biology。同样的例子,见于病毒学领域的新贵Plos Pathogen和老牌的Journal of Virology。

闲话少述,这里强调的是,无论哪种等级的杂志,编辑推荐出来加以评论的(比如Journal of Virology每期的Research Highlights),或者什么本期导读,或者在Pubmed里面显示”Comment “的,都是值得一读的文章。比如Nature及其子刊里面经常对本刊或者其它刊物上的某篇文章加以点评,这些文章都值得一读。


此外,在社交工具广泛讨论的文献,也多是值得一读的文献。和国内的微信、微博充斥了娱乐、商业推广和鸡汤文不同,Twitter、Facebook和Google Plus上有许多有价值的专业信息。比如,国外许多知名出版社或者期刊,甚至生物试剂厂家都在Twitter和Facebook上都有自己的账号,他们经常推荐可读的文章。

此外,某些领域的顶级学者在这些SNS工具上也频繁发文,这些都或可回首一览。你可以就自己感兴趣的话题在这些SNS内进行搜索,获得感兴趣的文章(他们自己的搜索功能有限,一般我用 "site:twitter.com",在google内搜索)。

论坛里wangqiujv 战友写道,“我个人比较喜欢用pubmed,一般都是先用MeSH搜索主题词,然后用Limits选择Free Full Text、Animals、Languages、Type of Article等选项,在Preview/Index选项卡中利用检索语法找到10篇左右的文献,然后再找这个领域的专家或专业机构,锁定一篇有用的文章后,再使用related articles找出相关文献。”

的确,TA的方法很专业,但是中间关键的信息没有写清楚:如何锁定一篇有用的文章?所以,这个话题,归根到底,需要自己的专业知识的积累,以及对本专业顶级机构和学者的洞悉。此外,不推荐由公众媒体报道的文章,原因是记者毕竟相对比较外行,他们习惯于挑选大众所熟悉和感兴趣的内容进行报道,而且结论未必准确。

总结一下上述可以锁定核心文献的方法:第一,文章他引的次数;第二,在顶级综述杂志里面,被黑体标出的文章;第三,所在专业顶级期刊的编辑导读;第四,在Pubmed里面被行业内杂志评论的文章;第五,知名出版社在社交工具上推荐的文章;第六,被F1000推荐的文章。

应该避免的两个误区,一是盲从于Impact Factor (影响因子从来只是国内单位人事处和科研处的量化指标),二是盲从于大众媒体的报道。

这是我个人的浅薄见识,期待大家批评指正,并且提出更多的办法。让我们一起进步!

本文由丁香园论坛网友endosome创作,谢绝转载,欢迎分享。

编辑: 陈静

版权声明

本网站所有注明“来源:丁香园”的文字、图片和音视频资料,版权均属于丁香园所有,非经授权,任何媒体、网站或个人不得转载,授权转载时须注明“来源:丁香园”。本网所有转载文章系出于传递更多信息之目的,且明确注明来源和作者,不希望被转载的媒体或个人可与我们联系,我们将立即进行删除处理。同时转载内容不代表本站立场。